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气相色谱仪的操作条件对于色谱分离有很大影响：
１、柱长，柱内径：
一般讲，气相色谱仪器柱管增长，可改善分离能力，短则组分馏出的快些；
柱内径小分离效果好，柱内径大处理量大，但柱内径过大，将导致担体不能均匀地分布在色谱柱中。
２、柱温：
是一个重要的操作变数，直接影响分离效能和分析速度。选择柱温的根据是混合物的沸点范围，固定液的配比和鉴定器的灵敏度。提高气相色谱仪柱温可缩短分析时间；
降低气相色谱仪柱温可使色谱柱选择性增大，有利于组分的分离和色谱柱稳定性提高，柱寿命延长。
一般采用等于或高于数十度于样品的平均沸点的柱温为较合适，对易挥发样用低柱温，不易挥发的样品采用高柱温。
３、载气流速：
载气流速是决定气相色谱仪色谱分离的重要原因之一。一般讲流速高色谱峰狭，反之则宽些，但流速过高或过低对分离都有不利的影响。
４、固定相：
固定相是由固体吸附剂或涂有固定液的担体构成。
当用同等长度的柱子，颗粒细的分离效率就要比粗的好些。
固定液含量对分离效率的影响很大，它与担体的重量比一般用１５％－２５％。比例过大有损于分离，比例过小会使气相色谱仪色谱峰拖尾。
５、进样：
一般讲进样快，进样量小，进样温度高其分离效果好。对进液体样，速度要快，气相色谱仪汽化温度要高于样品中高沸点组分的沸点值，一次汽化，保证色谱峰形不致展宽、使柱效高。当进样量在一定限度时，气相色谱仪色谱峰的半峰宽是不变的。若进样量过多就会造成色谱柱超载。一般讲气相色谱仪柱长增加四倍，样品的许可量增加一倍。
